Музей начался с частной коллекции. В 1961 году вице-адмирал барон Де Вос ван Стенвейк, командующий флотом в Нидерландах, основал Stichting Helders Marine Museum, чтобы сохранить свою коллекцию. В 1962 году музей стал частью флота, а из 500 переданных предметов большую часть выставили на чердаке здания «Het Peperhuisje».
Главное — сами корабли. Подлодка Tonijn служила с 1966 по 1991 год и, по словам музея, полностью сохранилась в прежнем виде: через люк забираются внутрь, перископы работают до сих пор, а бывшие члены экипажа рассказывают о службе.
Рядом стоит таранный корабль Schorpioen 1868 года, с 1951 по 1971 год он был плавучей казармой женской службы флота. Тральщик Abraham Crijnssen во Вторую мировую ушёл от японцев, замаскированный под тропический остров. Ещё здесь — мостик фрегата De Ruyter.
500 — с лишним лет истории флота
1868 — год ввода в строй корабля Schorpioen
9 — дней шёл к Австралии тральщик Abraham Crijnssen