Филипп Франц фон Зибольд (1796–1866), врач из Вюрцбурга, в 1823 году высадился на Дэсиме с заданием собирать сведения о Японии. Как врачу ему позволили открыть небольшую клинику за пределами фактории. Платы он брать не мог, и благодарные пациенты дарили ему вещи — так началась коллекция. В 1829 году, после того как у него нашли запрещённые карты Японии, его навсегда выслали из страны.
Зибольд поселился в Лейдене на Рапенбург, 19 и с 1831 года показывал коллекцию публике. Позже государство её купило, и новый музей стал предшественником нынешнего Wereldmuseum Leiden.
Japanmuseum SieboldHuis открылся в 2005 году. Вещи Зибольда для него дают Naturalis, Wereldmuseum Leiden и Лейденский университет. В Панорамной комнате — витрины высотой почти четыре метра, в комнате флоры и фауны — растения и животные в спирту и яркие акварели, в саду — бюст Зибольда и растения, которые он привёз из Японии.
25000 — предметов собрал Зибольд в Японии
2005 — год открытия музея
500 — с лишним японских гравюр, картин и фото в собственной коллекции